土壤修复有一种微生物方法: 菌根细菌技术。石油危机回顾过去发生过的石油危机，也曾带来积极的一面，首先危机引发了世界能源市场长远的结构性变化，迫使主要进口国积极寻找替代能源，开发节能技术。比如居高不下的汽油价格促使厂家推出更多高能效的汽车：1990年美国汽车每加仑汽油的平均行驶里程较1973年增长了40%。这些技术特点是促进一些植物对土壤中重金属离子的吸收，从而降低土壤中重金属的浓度，达到污染土壤修复的目的。菌根细菌是土壤修复中的一种常见现象，它们可以驱使一些植物合理吸收水分，使用自身的化学元素，使用超过法定限量的重金属，以及使用其他矿物质，从而促进这些植物的快速生长和发育。使用菌根细菌变得普遍的一个例子是使用根瘤菌。根瘤菌在大豆根部生长发育，大豆根部产生结瘤物，根据对空气中氮的吸收产生氮化合物，有利于大豆吸收促进大豆生长发育，这就是根瘤菌的固氮作用效应。根瘤菌广泛应用于农业，例如棉花和大豆，而类似根瘤菌的菌根细菌亦可具有与根瘤菌相似的特性。

菌根菌并不促进粮食作物的正常生产，而是促进某些植物的异常生长发育，促使许多植物吸收超标的重金属。然而，这种方法的效率较低，土壤修复的应用实际上并不规范。而且这项技术在国外已经有所发展，但在国内还比较落后。在土壤污染较为严重的中国，从源头上限制了菌根修复的应用。目前，菌根技术的土壤修复在国内还处于理论研究阶段，操作过程也很困难，需要对修复技术和生物技术等进行研究。其更理想的总体目标是生产基于防渗土工膜等纤维材料的复合修复材料，可广泛应用于土壤修复。